Tijdens de Eenjarige Oorlog van U.C. 0079 gaan de Earth Federation en het Prinsdom Zeon een hevige strijd aan bij de 'Thunderbolt Sector', een ondiepe zone in de voormalige Colony Side 4 'Moore'. Nadat hij met succes is geïnfiltreerd in het sluipschuttersveld van Zeon, krijgt de aas Federation-piloot en jazzliefhebber Io Fleming de controle over het nieuwste Gundam-prototype.